隨著企業發行員工認股權證的件數大幅擴增，員工認股權證應該負擔什麼樣的稅負？在報稅季節裏也廣被上班族關注。據會計師表示，按財政部的解釋函令規定，員工認股權證產生的所得，分2段，第1段為執行認股取得股票時，認股價和時價的差額為其他所得，必須課稅；取得股票之後，不論在何時賣出，均屬證券交易所得，免課所得稅。
員工紅利進入「費用化」的時代，並直接對員工分紅配股部份的「另類所得」造成衝擊；為彌補員工損失，很多上市櫃公司紛紛改為發行員工認股權證，讓員工可以用較優惠的價格，認購自家公司股票。
這種算是補償員工分紅費用化的員工認股權證，如果有所得的話，要不要申報綜合所得稅呢？安侯建業會計師事務所稅務部副總賴三郎表示，財政部規定員工取得員工認股權證，在行使權利時，認購股票的價格和上市櫃股票當時市價之差額，屬其他所得，必須算入所得淨額內，按所得高低所適用的稅率，報繳所得稅。
執行員工認股權證權利，認購的股票，出售後的獲利，則屬證券交易所得，不用課稅，但如果有交易損失，也不能自其他所得扣除。
根據台北市國稅局的釋例，如果甲君服務A公司發行員工認股權證，甲君於97年以每股12元行使員工認股權認購10萬股，並於同年4月2日取得股票，而當日股票收盤價為每股40元，則甲君在執行權利日，執行價格和當日股票市價的差額，乘以認購股數，即屬為個人的其他所得。經核計甲君的其他所得為280萬元【（40元－12元）×10萬股】。
若甲君於97年5月18日以每股50元賣掉A公司股票，雖然有價差，但由於屬於證券交易所得，並不用再繳任何稅金。
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